Od początku 1939 r. mieszkańcy Bukówca, tak jak całej Polski, zdawali sobie sprawę z narastającej groźby napaści ze strony Niemiec, dlatego też dobrowolnie wpłacili 5 maja 1939r. 6780 zł na Fundusz Obrony Narodowej. Niepokój ludności potęgowały jeszcze złowrogie wróżby. 19 maja na Bukówiec i okoliczne wsie spadł straszliwy grad, który zniszczył doszczętnie większość zasiewów. Bryły lodu wielkości kurzego i gęsiego jaja uszkodziły również wiele dachów i wybiły ponad 1000 szyb. Ponieważ tylko nieliczni gospodarze byli ubezpieczeni, do większości domostw zakradła się wielka bieda. Strach wzbudziła również zorza polarna, jakiej nikt wcześniej nie pamiętał. Pewnego wieczoru przez przeszło godzinę cała północno – zachodnia część nieba gorzała czerwoną łuną. W sierpniu 1939r. mieszkańcy wsi włączyli się w kopanie rowów strzeleckich wzdłuż granicy z Niemcami, do wojska powołano w tym czasie około 40 rezerwistów.
O wybuchu wojny mieszkańcy Bukówca dowiedzieli się 1 września od sołtysa Walentego Bury. Mężczyźni zdolni do służby wojskowej zaczęli się wycofywać w głąb kraju, aby Niemcy nie wzięli ich do niewoli. 12 września wjechały do wsi pierwsze niemieckie patrole, a 15 wkroczyło regularne wojsko w sile jednej kompanii, która zajęła budynek szkoły (chodzi o tzw. czerwoną szkołę). Rozpoczęła się okupacja, która miała trwać w Bukówcu 1966 dni. Na burgemeistra wsi hitlerowcy wyznaczyli Walentego Śliwę. Wprowadzono godzinę policyjną od 20 wieczorem do 5 rano. Mieszkańcy musieli zdać odbiorniki radiowe, broń oraz rowery. Wszystkie psy zostały odprowadzone do żwirowni położonej na małym końcu wioski, gdzie zostały zabite strzałem w głowę. Te posunięcia władz niemieckich miały odebrać społeczeństwu bukówieckiemu środki do odbioru informacji, komunikowania się, a także obrony i ostrzegania. Wszystkie szyldy polskie musiały być zdjęte, a w grudniu 1939 r. zamknięto szkołę, gdyż władze niemieckie uznały, że nauka polskim dzieciom nie jest potrzebna. Pierwsze aresztowania zaczęły się w październiku. Aresztowany został naczelnik Stronnictwa Narodowego Ludwik Marcinek i porucznik rezerwy Ignacy Pawłowski. Pierwszy z nich już w listopadzie powrócił do domu, drugi zginął w Forcie VII w Poznaniu.
Pod koniec października 1939 r. zaczęli wracać do domów pierwsi jeńcy zwolnieni z obozów niemieckich. Okupant zmienił, jeszcze w połowie grudnia, nazwę wsi na Rotbuchen, gdyż poprzednia nazwa Bukwitz za bardzo przypominała polski Bukówiec. W styczniu 1940 r. aresztowano Walentego Śliwę, funkcje burmistrza przejął Kurt Fitzneer z Grotnik. Od 1940 r. kobiety i mężczyzn zaczęto wywozić na przymusowe roboty do Niemiec, zaczęto również wysiedlać miejscową ludność, nasiliły się aresztowania. Największe masowe wysiedlenie miało miejsce 19 czerwca 1941 r., kiedy to wywieziono z Bukówca 75 rodzin. Wysiedlenia tego dokonywali Niemcy z sąsiednich wiosek, byli obywatele polscy, których wspierało wojsko. O godzinie 5 rano obudzono właścicieli, wyczytano z listy ich nazwiska i kazano im się w pół godziny przygotować do wyjazdu. Wszystkich spędzono na plac przed kościołem i przewieziono samochodami do Leszna. Tam każdą rodzinę brano przed komisję, która dokonywała selekcji na trzy odrębne grupy. Najliczniejsza jeszcze tego samego dnia wyjechała do Niemiec, druga do obozu przejściowego w _odzi, pozostałych ulokowano u rodzin polskich w okolicznych wsiach. W Bukówcu zostali jedynie robotnicy i rzemieślnicy zatrudnieni w firmach niemieckich oraz służba rolna, która miała być zatrudniona u niemieckich osadników. Osadnicy pochodzący głównie z Besarabii, Wołynia i Lubelszczyzny przybyli jeszcze tego samego dnia. Przejęli oni polskie gospodarstwa wraz z całym wyposażeniem. Z pozostałej ludności wybrano im do pomocy parobków i służące. Tym współczesnym niewolnikom nie przysługiwały żadne prawa.
W 1940 r. wprowadzono kartki na mięso, a od 1941 r. zabroniono domowego uboju bez zezwolenia. Polacy byli zobowiązani odstawiać do mleczarni całe wyprodukowane mleko. Aby zapobiec nielegalnemu handlowi masłem, zaplombowano wszystkie wirówki. Polakom zabierano bez odszkodowania konie, które były przeznaczone dla wojska niemieckiego. Również wszystkie instrumenty muzyczne musiały być zdane okupantowi.
Kościół bukówiecki oddano do użytku niemieckim katolikom, a ponieważ było ich niewielu - stał on przeważnie zamknięty. Proboszcz Ryszard Platz mimo swojego niemieckiego pochodzenia nie cieszył się zaufaniem władz hitlerowskich.. Jesienią 1941 r. objął on także kościół w Zbarzewie, ale potajemnie odwiedzał chorych w Bukówcu. W styczniu 1943 r. został przeniesiony do Kaszczoru, a bukówiecki kościół zamieniono na niemiecki magazyn wojskowy. Polscy katolicy udawali się więc do Bronikowa, gdzie był jeszcze polski ksiądz Jan Jazdończyk, proboszcz z Radomicka. W 1940 r. pod osłoną nocy hitlerowcy zniszczyli wszystkie bukówieckie krzyże, figury i kapliczki przydrożne. W 1942 r. Niemcy zdjęli i oddali na złom 3 z 4 dzwonów kościelnych.
20 stycznia 1945 r. Niemcy z Bukówca opuścili wioskę, a już 29 stycznia wkroczyły do niej pierwsze oddziały Armii Czerwonej. W lutym 1945 r. zaczęli wracać do wioski bukówczanie, którzy byli wysiedleni do okolicznych wsi. Otwarto również kościół, chociaż nie było jeszcze księdza.
Plany niemieckie przewidywały całkowite zniemczenie obszarów Wielkopolski poprzez przesiedlenia Polaków i osiedlanie na ich miejsce rodowitych Niemców. W przededniu wojny Bukówiec liczył ok. 1480 mieszkańców, pod koniec stycznia 1945 r. Polaków w Bukówcu było ok. 800. Ubyło 681 osób: 40 osób to jeńcy wojny obronnej zatrzymani w Niemczech w 1939r.; 4 osoby to żołnierze polegli we wrześniu 1939r.; 10 osób to żołnierze walczący na Zachodzie; 6 osób to żołnierze internowani na Węgrzech; 6 osób zostało aresztowanych przez okupanta; 30 osób wywieziono na roboty do Niemiec; 240 osób przesiedlono do Niemiec; 40 osób przesiedlono do Generalnej Guberni; 230 osób przesiedlono do okolicznych wiosek; 30 osób wywieziono w 1944 r. do budowy okopów; 40 osób uprowadzono w styczniu 1945 r. do Niemiec jako przymusowych robotników; 5 osób to rezultat zmniejszenia się liczby mieszkańców wskutek nadwyżki zgonów nad urodzeniami.
W ciągu II wojny światowej wszyscy mieszkańcy Bukówca, niezależnie od aktualnego wówczas miejsca zamieszkania, byli bezwzględnie wykorzystywani do niewolniczej pracy na rzecz Niemiec.
Pomimo tak licznych prześladowań, nieustannego zagrożenia, głodu i poniewierki bukówczanie nie tracili nadziei na wolność i powrót do swoich domostw. Wiemy to ze wspomnień naszych rodziców, naszych dziadków i babek. Po wyzwoleniu wsi bukówczanie, jak tylko mogli, szybko wracali i chociaż wielu znajdowało domy wyszabrowane (uciekający Niemcy zabierali wszystko, co tylko byli w stanie), zabierali się do pracy odbudowując gospodarstwa, zasiewając pola… Niektórzy nie wrócili nigdy, niektórych rany -również te na duszy- nigdy się nie zagoiły. Ale Bukówiec przetrwał, a potem odbudował nie tylko straty materialne, ale również swoją tradycyjną kulturę, społeczny zapał i patriotyzm.